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Bienvenidos a la Documentación de los flujos de trabajo Pipelines Inmegen

En esta wiki encontrarás información detallada sobre los las salidas de los procesos de los flujos de trabajo (pipelines) desarrollados y automatizados en el Instituto Nacional de Medicina Genómica.

El principal objetivo de estos flujos de análisis es el procesamiento de datos provenientes de secuenciación masiva (Whole Genome Sequencing [WGS]/Whole Exome Sequencing [WES] y RNA sequencing [RNA-seq]) de manera reproducible y repetible, con base en el uso de herramientas confiables y avaladas por la comunidad científica.

Actualmete se cuenta con los siguientes flujos de análisis:

• Análisis de calidad de archivos de secuenciación masiva en formato FASTQ
• Identificación conjunta de variantes Germinales
• Identificación de variantes Somáticas
• Identificación de variantes de datos de RNA-seq
• Cuantificación y análisis de expresión diferencial

NOTA: Estos flujos de trabajo están asociados a los servicios de análisis bioinformáticos del Inmegen.

Pre-requisitos para ejecutar los pipelines

• NextFlow (versión mayor o gual a 22.10.7)

• Docker (versión mayor o gual a 23.0.5)

Además, es necesario clonar la imagen de docker de este repositorio con el comando:

docker pull pipelinesinmegen/pipelines_inmegen:public

NOTA: Al estár en constante desarrollo la imagen de docker puede variar, se recomienda actulizar la imagen de docker junto con las actualizaciones de los flujos de trabajo.

Equipo de desarrollo

Daniel Pérez-Calixto dperez@inmegen.gob.mx

Laura Gómez-Romero lgomez@inmegen.gob.mx

Alejandra Cervera Taboada acerverat@inmegen.gob.mx

Licencia

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