IBGP使用说明

Integrated Bayes Genomic Prediction software

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Authors

YouTang    📧tangyou@neau.edu.cn

介绍

安装教程

• 点击上方发行版即可下载需要的版本

• 点击上边附件可下载供测试用的数据文件

• IBGP支持命令行模式和GUI模式，支持Windows、Linux和macOS

命令说明

启动GUI界面

当命令中无任何参数时，会直接启动GUI界面，如：

java -jar IBGP.java

在Java正确安装的情况下也可以直接双击IBGP.java启动GUI界面。

展示帮助信息

使用-h或--help展示帮助信息：

java -jar IBGP.java -h
usage: Options [-bin <arg>] [-bout <arg>] [-CV <arg>] [-GD <arg>] [-group
       <arg>] [-h] [-M <arg>] [-o <arg>] [-p <arg>] [-pi <arg>] [-t <arg>]
       [-times <arg>] [-v]
 -bin,--burn_in <arg>        The value of burn_in
 -bout,--burn_out <arg>      The value of burn_out
 -CV,--covariate <arg>       covariate file (optional)
 -GD,--genotype_data <arg>   genotype data file (optional)
 -group <arg>                The value of group
 -h,--help                   show help massage.
 -M,--model <arg>            BayesA, BayesB, or BayesC (default: BayesA)
 -o,--out <arg>              output file, only support .txt or .csv format
                             (required)
 -p,--phenotype <arg>        phenotype file (required)
 -pi <arg>                   The value of pi
 -t,--traits <arg>           choose trait for analysis. Multiple traits
                             could be provided with comma, like:
                             trait1,trait2,trait3
 -times <arg>                The value of times
 -v,--version

命令的基本格式为：

IBGP.jar --方法名 [--方法所需参数1 参数1 & --方法所需参数2 参数2 ...] --out 输出文件地址

例：

java -jar IBGP.jar -M BayesC -GD "E:\IBGP\genotype_data.txt" -p "E:\IBGP\phenotype.txt" -CV "E:\IBGP\myCV.txt" -bin 1 -bout 1 -pi 0.2 --out "E:\IBGP\out\BayesC.txt"

个别参数说明：

--out <arg> 为必填参数，在arg中填入输出文件地址（不加<>），支持输出后缀为.txt和.csv的文件，下文不再对其说明

--traits 该参数用于选择运算时的表型，同GUI中的Select traits按钮，后接表型列名，以英文逗号分隔，如--traits PH,EH 或 -t PH,EH,DTT

当指令没有给出traits参数时，系统会列出读取到的所有表型信息，此时输入需要的表型的编号即可，同样以英文逗号分隔。如：

方法所需的参数与GUI相同，可根据GUI界面查看对应方法所需的参数

BayesA

短参数-M BayesA 长参数--model BayesA

短参数	长参数	参数解释
GD	genotype_data	genotype_data文件的地址
p	phenotype	phenotype文件的地址
CV	covariate	covariate文件的地址
bin	burn_in	burn in的值
bout	burn_out	burn out的值
t	traits	（可选）以英文逗号分隔的表型名

命令示例：

java -jar .\IBGP.jar -M BayesA -GD "E:\IBGP\genotype_data.txt" -p "E:\IBGP\phenotype.txt" -CV "E:\IBGP\myCV.txt" -o "E:\IBGP\ot\testA.txt" -bin 1 -bout 1 -t PH,EH,DTT

BayesB

短参数-M BayesB 长参数--model BayesB

短参数	长参数	参数解释
GD	genotype_data	genotype_data文件的地址
p	phenotype	phenotype文件的地址
CV	covariate	covariate文件的地址
bin	burn_in	burn in的值
bout	burn_out	burn out的值
p	pi	Pi的值
t	traits	（可选）以英文逗号分隔的表型名

命令示例：

java -jar .\IBGP.jar -M BayesB -GD "E:\IBGP\genotype_data.txt" -p "E:\IBGP\phenotype.txt" -CV "E:\IBGP\covariate.txt" -o "E:\IBGP\out\testB.txt" -bin 1 -bout 1 -pi 0.5 -t PH,EH,DTT

Bestmethod

短参数-M Best 长参数--model Best

短参数	长参数	参数解释
GD	genotype_data	genotype_data文件的地址
p	phenotype	phenotype文件的地址
CV	covariate	covariate文件的地址
bin	burn_in	burn in的值
bout	burn_out	burn out的值
p	pi	Pi的值
group		Group的值
times		Times的值
t	traits	（可选）以英文逗号分隔的表型名

命令示例：

java -jar .\IBGP.jar -M Best -GD "E:\IBGP\genotype_data.txt" -p "E:\IBGP\phenotype.txt" -CV "E:\IBGP\covariate.txt" -o "E:\IBGP\out\testBest.txt" -bin 1 -bout 1 -pi 0.5 -group 3 -times 2

BayesLASSO

短参数-M BayesLASSO 长参数--model BayesLASSO

短参数	长参数	参数解释
GD	genotype_data	genotype_data文件的地址
p	phenotype	phenotype文件的地址
t	Traits	（可选）以英文逗号分隔的表型名

命令示例：

java -jar .\IBGP.jar -M BayesLASSO -GD "E:\IBGP\genotype_data.txt" -p "E:\IBGP\phenotype.txt" -o "E:\IBGP\out\testBL.txt"

BayesC

短参数-M BayesC 长参数--model BayesC

短参数	长参数	参数解释
GD	genotype_data	genotype_data文件的地址
p	phenotype	phenotype文件的地址
CV	covariate	covariate文件的地址
bin	burn_in	burn in的值
bout	burn_out	burn out的值
p	pi	Pi的值
t	traits	（可选）以英文逗号分隔的表型名

命令示例：

java -jar .\IBGP.jar -M BayesC -GD "E:\IBGP\genotype_data.txt" -p "E:\IBGP\phenotype.txt" -o "E:\IBGP\out\testBL.txt"

BayesCpi

短参数-M BayesCpi 长参数--model BayesCpi

短参数	长参数	参数解释
GD	genotype_data	genotype_data文件的地址
p	phenotype	phenotype文件的地址
CV	covariate	covariate文件的地址
bin	burn_in	burn in的值
bout	burn_out	burn out的值
p	pi	Pi的值
t	traits	（可选）以英文逗号分隔的表型名

命令示例：

java -jar .\IBGP.jar -M BayesCpi -GD "E:\IBGP\genotype_data.txt" -p "E:\IBGP\phenotype.txt" -CV "E:\IBGP\covariate.txt" -bin 1 -bout 1 -pi 0.2 -o "E:\IBGP\out\testCpi.txt"