Incorporación de markup_doc, model_ai y utilidades en core #27

eduranm · 2025-09-26T16:58:23Z

Creación y ampliación de la app core (modelos comunes, formularios, utilidades, vistas y hooks).

Inclusión de app markup_doc para el procesamiento y marcado de artículos DOCX (modelos, API REST, tareas y hooks).

Inclusión de la librería markuplib con funciones para DOCX y transformaciones OMML → MathML.

Creación de la app model_ai para integración con modelos LLaMA, utilidades de inferencia y tareas de IA.

Módulos en reference (configuración de Gemini y utilidades de datos).

Consolidación y limpieza de migraciones en reference, core y core_settings.

… principales

… de nuevas apps y aumento del límite de campos

…s, textos con idioma y manejo flexible de fechas

…ón de referencias

…s y ampliación de tipos soportados (confproc, full_text, etc.)

…e model_ai

… model_ai)

…rga de modelos

…ai y python-docx

…istas de búsqueda, utilidades y hooks de Wagtail

…o, utilidades y hooks de Wagtail

…ones OMML a MathML

…es de inferencia, tareas y hooks de Wagtail

…s de procesamiento de datos

…ial.py y eliminación de migraciones intermedias

…n de Django y traducción de verbose_name a inglés

Copilot

Pull Request Overview

This PR incorporates significant new functionality into the codebase by adding markup document processing, AI model integration, and utilities for handling DOCX files and references. The changes focus on creating a comprehensive document processing pipeline with AI-powered metadata extraction and XML generation capabilities.

Key Changes

Creation of new apps markup_doc and model_ai for document processing and AI model management
Integration of DOCX processing capabilities with OMML to MathML transformation
Implementation of reference processing with LLaMA model integration
Consolidation and cleanup of database migrations

Reviewed Changes

Copilot reviewed 53 out of 64 changed files in this pull request and generated 10 comments.

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File	Description
requirements/base.txt	Added dependencies for Google Generative AI, langid, and python-docx
reference/wagtail_hooks.py	Updated admin interface to use new snippet system and model AI tasks
reference/models.py	Enhanced Reference model with status choices and improved field definitions
reference/migrations/	Consolidated migration files for cleaner database schema
reference/marker.py	Updated import path for GenericLlama class
reference/data_utils.py	Added ReferenceStatus usage and updated task imports
reference/config_gemini.py	New configuration for Gemini API integration with reference processing
reference/config.py	Enhanced configuration with JSON formatting and additional reference types
reference/api/v1/views.py	Updated to use ReferenceStatus enum
model_ai/	Complete new app for AI model management and inference utilities
markuplib/	New library with DOCX processing functions and OMML to MathML transformation
markup_doc/	Complete new app for document markup processing with XML generation

_{Tip: Customize your code reviews with copilot-instructions.md. Create the file or learn how to get started.}

Copilot · 2025-09-27T16:21:11Z

reference/models.py

 # Create your models here
 class Reference(CommonControlField, ClusterableModel):
-    mixed_citation = models.TextField(_("Mixed Citation"), null=False, blank=True)
+    mixed_citation = models.TextField(("Mixed Citation"), null=False, blank=True)


Missing underscore function call. Should be _('Mixed Citation') to enable internationalization.

Suggested change

mixed_citation = models.TextField(("Mixed Citation"), null=False, blank=True)

mixed_citation = models.TextField(_("Mixed Citation"), null=False, blank=True)

@eduranm

Necesita incluir el _ antes de (

mixed_citation = models.TextField(_("Mixed Citation"), null=False, blank=True)

Copilot · 2025-09-27T16:21:12Z

reference/models.py

            MaxValueValidator(10)  # Máximo 10
        ],
-        help_text=_("Rating from 1 to 10")
+        help_text="Rating from 1 to 10"


This field should use the internationalization function. Change to help_text=_('Rating from 1 to 10').

Suggested change

help_text="Rating from 1 to 10"

help_text=_("Rating from 1 to 10")

@eduranm

¿Hay alguna razón especial para eliminar la traducción _()?

Copilot · 2025-09-27T16:21:12Z

model_ai/tasks.py

+        instance = LlamaModel.objects.get(id=id)
+        get_model(instance.hf_token, instance.name_model, instance.name_file)
+        instance.download_status = DownloadStatus.DOWNLOADED
+    except:


Using bare except: clause catches all exceptions including system exits. Use except Exception: instead to catch only recoverable exceptions.

Suggested change

except:

except Exception:

Copilot · 2025-09-27T16:21:12Z

reference/config_gemini.py

+                        "source": "The role of physical activity on the need for revision total knee arthroplasty in individuals with osteoarthritis of the knee [dissertation]",
+                        "organization": "University of Pittsburgh",
+                        "location": "[Pittsburgh (PA)]",
+                        "num_pages": 436 p


Invalid syntax - missing quotes around the value. Should be 'num_pages': '436 p' or 'num_pages': 436 if it's meant to be numeric.

Suggested change

"num_pages": 436 p

"num_pages": "436 p"

Copilot · 2025-09-27T16:21:13Z

reference/config_gemini.py

+                    "date": 1903,
+                    "source": "Plant geography upon a physiological basis",
+                    "organization": "Clarendon Press",
+                    "location": "Oxford, UK"


Missing comma after this field, which will cause a syntax error.

Suggested change

"location": "Oxford, UK"

"location": "Oxford, UK",

Copilot · 2025-09-27T16:21:13Z

reference/config_gemini.py

+                    ],
+                    "date": c2005,
+                    "source": "Advanced practice nursing: an integrative approach",
+                    "edition: "3rd ed"


Missing closing quote and comma. Should be 'edition': '3rd ed',.

Suggested change

"edition: "3rd ed"

"edition": "3rd ed",

Copilot · 2025-09-27T16:21:13Z

reference/config_gemini.py

+                    "edition: "3rd ed"
+                    "organization": "Elsevier Saunders",
+                    "location": "St. Louis (MO)",
+                    "num_pages": 979 p


Invalid syntax - missing quotes around the value. Should be 'num_pages': '979 p' or 'num_pages': 979 if numeric.

Suggested change

"num_pages": 979 p

"num_pages": "979 p"

Copilot · 2025-09-27T16:21:14Z

reference/config_gemini.py

+                    "date": 1995,
+                    "source": "Inflammatory bowel disease",
+                    "chapter": "The epidemiology of idiopathic inflammatory bowel disease.",
+                    "edition: "4th"


Missing closing quote and comma. Should be 'edition': '4th',.

Suggested change

"edition: "4th"

"edition": "4th",

Copilot · 2025-09-27T16:21:14Z

markup_doc/views.py

+        response['Content-Disposition'] = f'attachment; filename="{nombre_archivo}"'
+
+        return response
+    except TuModelo.DoesNotExist:


TuModelo is not defined. Should be ArticleDocxMarkup.DoesNotExist based on the context.

Suggested change

except TuModelo.DoesNotExist:

except ArticleDocxMarkup.DoesNotExist:

Copilot · 2025-09-27T16:21:14Z

markuplib/function_docx.py

+        print("*********************************")
+        print(links)


Debug print statements should be removed from production code or replaced with proper logging.

robertatakenaka · 2025-10-01T15:25:50Z

@eduranm he contratado el servicio copilot. Por favor, evalue las recomendaciones de correcciones si se aplican. Cambia en tu código local y después suba como nuevos commits.

Corrige el tipo de excepción para responder 404 cuando el registro no existe.

…nlaces Reduce ruido en logs y mantiene la función enfocada a su retorno.

Mejora legibilidad y buenas prácticas de manejo de errores.

…a prompt de referencias Se agregan comillas a campos textuales y se corrigen comas/keys para evitar errores de parseo del prompt.

Permite traducción de 'Mixed Citation' y 'Rating from 1 to 10'.

robertatakenaka · 2025-10-06T14:36:27Z

core/models.py

+        if mission:
+            return mission
+
+        language_order = ['pt', 'es', 'en']


@eduranm verificar que hay otros tipos de idiomas

robertatakenaka · 2025-10-06T14:59:35Z

markup_doc/labeling_utils.py

+                    if ' e ' in surname_buscado:
+                        surname1 = surname_buscado.split(' e ')[0].strip().lower()
+                        surname2 = surname_buscado.split(' e ')[1].strip().lower()
+


# Código original con problemas identificados: """ PROBLEMAS DETECTADOS: 1. Código repetitivo - viola el principio DRY (Don't Repeat Yourself) 2. Las variables surname1 y surname2 se sobrescriben múltiples veces si hay varios separadores 3. No maneja casos donde el split() podría fallar (ej: separador al final) 4. No valida que existan exactamente 2 apellidos después del split 5. Lógica difícil de mantener y extender """ # VERSIÓN MEJORADA 1: Usando diccionario y break def process_surnames_v1(surname_buscados): """ Procesa una lista de apellidos buscando separadores comunes. Retorna una lista de tuplas (surname1, surname2) o None si no hay separador. """ # Definir separadores en orden de prioridad SEPARATORS = [' y ', ' and ', ' & ', ' e '] results = [] for surname_buscado in surname_buscados: surname_pair = None # Buscar el primer separador que aplique for separator in SEPARATORS: if separator in surname_buscado: parts = surname_buscado.split(separator) if len(parts) == 2: # Validar que tengamos exactamente 2 partes surname1 = parts[0].strip().lower() surname2 = parts[1].strip().lower() surname_pair = (surname1, surname2) break # Usar el primer separador encontrado results.append(surname_pair) return results # VERSIÓN MEJORADA 2: Usando expresiones regulares (más flexible) import re def process_surnames_v2(surname_buscados): """ Procesa apellidos usando regex para múltiples separadores. Más eficiente y flexible que múltiples if statements. """ # Patrón que captura los separadores comunes pattern = re.compile(r'\s+(y|and|&|e)\s+', re.IGNORECASE) results = [] for surname_buscado in surname_buscados: match = pattern.split(surname_buscado) if len(match) >= 3: # [apellido1, separador, apellido2, ...] surname1 = match[0].strip().lower() surname2 = match[2].strip().lower() results.append((surname1, surname2)) else: results.append(None) return results # VERSIÓN MEJORADA 3: Generador con manejo robusto de errores def process_surnames_v3(surname_buscados): """ Versión más robusta con validación y logging opcional. Usa yield para eficiencia de memoria con listas grandes. """ SEPARATORS = { ' y ': 'spanish_and', ' and ': 'english_and', ' & ': 'ampersand', ' e ': 'portuguese_and' } for surname_buscado in surname_buscados: if not surname_buscado: # Validar entrada vacía yield None continue found = False for separator, sep_type in SEPARATORS.items(): if separator in surname_buscado: parts = surname_buscado.split(separator) # Validación más estricta if len(parts) == 2 and all(p.strip() for p in parts): surname1 = parts[0].strip().lower() surname2 = parts[1].strip().lower() yield { 'surname1': surname1, 'surname2': surname2, 'separator_type': sep_type, 'original': surname_buscado } found = True break if not found: yield None # EJEMPLO DE USO: if __name__ == "__main__": # Datos de prueba test_surnames = [ "García y López", "Smith and Jones", "Brown & Williams", "Silva e Santos", "Martinez", # Sin separador " y Solo", # Caso edge: separador al inicio "Multiple y and separators" # Múltiples separadores ] print("=== Versión 1 (simple) ===") for result in process_surnames_v1(test_surnames): print(result) print("\n=== Versión 2 (regex) ===") for result in process_surnames_v2(test_surnames): print(result) print("\n=== Versión 3 (robusta) ===") for result in process_surnames_v3(test_surnames): if result: print(f"{result['original']} -> {result['surname1']}, {result['surname2']} [{result['separator_type']}]") else: print("No separator found") # RECOMENDACIÓN FINAL: """ Para tu caso en SciELO, recomendaría la versión 3 porque: 1. Es más mantenible y extensible 2. Proporciona metadata útil (tipo de separador usado) 3. Maneja casos edge de forma robusta 4. Usa generadores para eficiencia con grandes volúmenes de datos 5. Facilita el debugging y logging 6. Se integra bien con pipelines de procesamiento de artículos Si necesitas procesar nombres de autores de artículos científicos, considera también normalizar acentos y caracteres especiales: from unicodedata import normalize def normalize_name(name): return normalize('NFKD', name).encode('ASCII', 'ignore').decode('utf-8') """

Copilot

Pull Request Overview

Copilot reviewed 53 out of 64 changed files in this pull request and generated 4 comments.

Comments suppressed due to low confidence (1)

markup_doc/xml.py:1

Type mismatch: 'full_text' field should be 'string' type, not 'integer' based on its usage context.

from lxml import etree

_{Tip: Customize your code reviews with copilot-instructions.md. Create the file or learn how to get started.}

Copilot · 2025-10-13T14:13:35Z

reference/wagtail_hooks.py

+    CreateView,
+    EditView,


Duplicate import of CreateView and EditView. These are already imported at line 8 from wagtail_modeladmin.views.

Suggested change

CreateView,

EditView,

@eduranm

¿Vamos a usar CreateView a partir de modeladmin o de snippets?

Sugiero borrar la línea 8

Copilot · 2025-10-13T14:13:36Z

reference/models.py

+    estatus = models.IntegerField(
+        _("Reference estatus"),
+        choices=ReferenceStatus.choices,
+        blank=True,
+        default=ReferenceStatus.NO_REFERENCE
+    )


Corrected spelling of 'estatus' to 'status' in field name and verbose name.

@eduranm

Vamos a estandarizar los nombres de los campos al idioma inglés (status)

Copilot · 2025-10-13T14:13:36Z

model_ai/models.py

+    download_status = models.IntegerField(
+        _("Local model estatus"),
+        choices=DownloadStatus.choices,
+        blank=True,
+        default=DownloadStatus.NO_MODEL
+    )


Corrected spelling of 'estatus' to 'status' in verbose name.

Copilot · 2025-10-13T14:13:36Z

model_ai/models.py

+    def clean(self):
+        if not self.pk and LlamaModel.objects.exists():
+            raise ValidationError(_("Only one instance of LlamaModel is allowed."))
+


Singleton pattern validation in clean() method will prevent creating multiple instances via admin, but won't prevent programmatic creation. Consider using a custom manager or database constraint for stronger enforcement.

Suggested change

def save(self, *args, **kwargs):

if not self.pk and LlamaModel.objects.exists():

raise ValidationError(_("Only one instance of LlamaModel is allowed."))

super().save(*args, **kwargs)

…en save()

…eference status' (incluye migraciones)

pitangainnovare

@eduranm
@robertatakenaka

Hay algunos métodos muy grandes que podrían reducirse a métodos pequeños. Esto facilitaría el mantenimiento del código, sobre todo en la parte que manipula datos en Docx. Llegué a implementar alguna forma de instanciar el GenericLlama usando el patrón Singleton y con algo de manejo de errores. Podría ser interesante aprovechar ese código en el GenericLlama de este PR.

pitangainnovare · 2025-10-17T17:47:33Z

core/models.py

+        url = url.lower()
+        url_parts = url.split("/")
+        if not url_parts:
+            return {}


@eduranm

¿No sería mejor usar urllib.parse para convertir la cadena URL?

from urllib.parse import urlparse, parse_qs url = "https://example.com/path/page?arg1=val1&arg2=val2#section" # quebra URL em componentes parts = urlparse(url) print(parts.scheme) # https print(parts.netloc) # example.com print(parts.path) # /path/page print(parts.query) # arg1=val1&arg2=val2 print(parts.fragment) # section # parse de query string query_params = parse_qs(parts.query) print(query_params) # {'arg1': ['val1'], 'arg2': ['val2']}

pitangainnovare · 2025-10-17T17:49:54Z

core/models.py

+        return dict(
+            license_type=license_type,
+            license_version=license_version,
+            license_language=license_language,


@eduranm

El método devuelve esto:

return dict( license_type=license_type, license_version=license_version, license_language=license_language, )

¿No sería mejor darle otro nombre al método? Por ejemplo, extract_license_data_from_url?

pitangainnovare · 2025-10-17T17:54:22Z

reference/models.py

 # Create your models here
 class Reference(CommonControlField, ClusterableModel):
-    mixed_citation = models.TextField(_("Mixed Citation"), null=False, blank=True)
+    mixed_citation = models.TextField(("Mixed Citation"), null=False, blank=True)


@eduranm

Necesita incluir el _ antes de (

mixed_citation = models.TextField(_("Mixed Citation"), null=False, blank=True)

pitangainnovare · 2025-10-17T17:55:51Z

reference/models.py

+    estatus = models.IntegerField(
+        _("Reference estatus"),
+        choices=ReferenceStatus.choices,
+        blank=True,
+        default=ReferenceStatus.NO_REFERENCE
+    )


@eduranm

Vamos a estandarizar los nombres de los campos al idioma inglés (status)

pitangainnovare · 2025-10-17T17:57:25Z

reference/models.py

            MaxValueValidator(10)  # Máximo 10
        ],
-        help_text=_("Rating from 1 to 10")
+        help_text="Rating from 1 to 10"


@eduranm

¿Hay alguna razón especial para eliminar la traducción _()?

pitangainnovare · 2025-10-17T18:23:58Z

markuplib/function_docx.py

+        return ' '.join(links) if links else None
+
+
+    def extractContent(self, doc, doc_path):


extract_content

@eduranm

Después vamos a necesitar reducir el tamaño de la mayoría de los métodos siguientes. Algo mucho más pequeño, cada método haciendo solo una cosa.

pitangainnovare · 2025-10-17T18:24:33Z

markuplib/function_docx.py

+
+            return clean_text.strip()
+
+        def extrae_Tabla(element, rels_map, namespaces):


extrae_table (o extract_table)

pitangainnovare · 2025-10-17T18:29:54Z

model_ai/generic_llama.py

+from config.settings.base import LLAMA_MODEL_DIR
+from llama_cpp import Llama
+import os
+import google.generativeai as genai
+from model_ai.models import LlamaModel
+
+class GenericLlama:
+
+  def __init__(self, messages=None, response_format=None, max_tokens=4000, temperature=0.1, top_p=0.1, type='chat'): 
+    model_ai = LlamaModel.objects.first()
+    self.llm = Llama(model_path = os.path.join(LLAMA_MODEL_DIR, model_ai.name_file), n_threads=2, n_ctx=5000)
+    self.messages = messages
+    self.response_format = response_format
+    self.max_tokens = max_tokens
+    self.temperature = temperature
+    self.top_p = top_p
+    self.type = type
+
+  def run(self, user_input):
+    if self.type == 'chat':
+      input = self.messages.copy()
+      input.append({
+        'role': 'user',
+        'content': user_input
+      })
+      return self.llm.create_chat_completion(messages=input, response_format=self.response_format, max_tokens=self.max_tokens, temperature=self.temperature, top_p=self.top_p)
+    if self.type == 'prompt':
+      #USO DE GEMINI
+      model_ai = LlamaModel.objects.first()
+      if model_ai and model_ai.api_key_gemini:
+        genai.configure(api_key=model_ai.api_key_gemini)
+        model = genai.GenerativeModel('models/gemini-2.0-flash')
+        return model.generate_content(user_input).text
+      else:
+        return self.llm(user_input, max_tokens=2000, temperature=self.temperature, stop=["\n\n"])


@eduranm

Aquí hay una versión actualizada del GenericLlama, pensando en el manejo de errores y en la optimización usando Singleton: https://github.com/pitangainnovare/markapi/blob/main/llama3/generic_llama.py

pitangainnovare · 2025-10-17T18:31:27Z

model_ai/models.py

+        self.attrs.update({'disabled': 'disabled'})
+
+
+class LlamaModel(CommonControlField):


pitangainnovare · 2025-10-17T18:32:33Z

model_ai/wagtail_hooks.py

+from model_ai.tasks import download_model
+
+
+class LlamaModelCreateView(CreateView):


Llama es solo uno de los muchos posibles modelos. ¿Qué tal si llamamos al modelo LLMModel o AIModel?

LLMModelCreateView

eduranm added 18 commits September 26, 2025 10:15

Integración de ArticleViewSet en el enrutador y actualización de URLs…

e34f8a5

… principales

Actualización de settings: cambio en directorio de modelos, inclusión…

ab31a5e

… de nuevas apps y aumento del límite de campos

Ampliación de core.models: nuevos modelos de género, idioma, licencia…

b2e9538

…s, textos con idioma y manejo flexible de fechas

Actualización en Reference: uso de ReferenceStatus y ajuste en creaci…

d7395d9

…ón de referencias

Refactor en reference.config: serialización de ejemplos con json.dump…

02654a5

…s y ampliación de tipos soportados (confproc, full_text, etc.)

Refactor en marker: actualización de importación de GenericLlama desd…

e40b6be

…e model_ai

Eliminación de reference.tasks (responsabilidad movida a data_utils y…

d88c9c5

… model_ai)

Refactor en wagtail_hooks: uso de SnippetViewSet y soporte para desca…

3159c3b

…rga de modelos

Actualización de dependencias: inclusión de langid, google-generative…

8746d02

…ai y python-docx

Creación y ampliación de la app core: modelos comunes, formularios, v…

a9305e6

…istas de búsqueda, utilidades y hooks de Wagtail

Nueva app markup_doc: modelos ArticleDocx, API REST, tareas de marcad…

95a8153

…o, utilidades y hooks de Wagtail

Nueva librería markuplib: funciones para procesar DOCX y transformaci…

58cc438

…ones OMML a MathML

Nueva app model_ai: integración de LLaMA, funciones genéricas, mensaj…

4944e3b

…es de inferencia, tareas y hooks de Wagtail

Módulos adicionales en reference: configuración de Gemini y utilidade…

4ecb50a

…s de procesamiento de datos

Consolidación de migraciones en reference: actualización de 0001_init…

2ab9bd9

…ial.py y eliminación de migraciones intermedias

Actualización de migración inicial en core_settings: cambio de versió…

3024568

…n de Django y traducción de verbose_name a inglés

Creación de migración inicial en core

1e31de7

Eliminación de la app llama3: funcionalidades migradas a model_ai

826800b

eduranm requested a review from robertatakenaka September 26, 2025 16:58

pitangainnovare requested a review from Copilot September 27, 2025 16:19

Copilot AI reviewed Sep 27, 2025

View reviewed changes

eduranm added 5 commits October 5, 2025 13:16

fix(markup_doc): capturar ArticleDocxMarkup.DoesNotExist en generate_xml

76258cd

Corrige el tipo de excepción para responder 404 cuando el registro no existe.

refactor(markuplib): eliminar prints de depuración en extracción de e…

aff3a39

…nlaces Reduce ruido en logs y mantiene la función enfocada a su retorno.

style(model_ai): reemplazar bare except por Exception en download_model

6dd1ae2

Mejora legibilidad y buenas prácticas de manejo de errores.

fix(reference): corregir literales y separadores en config_gemini par…

5842054

…a prompt de referencias Se agregan comillas a campos textuales y se corrigen comas/keys para evitar errores de parseo del prompt.

i18n(reference): envolver labels y help_text con gettext_lazy

6a09911

Permite traducción de 'Mixed Citation' y 'Rating from 1 to 10'.

robertatakenaka reviewed Oct 6, 2025

View reviewed changes

robertatakenaka requested a review from Copilot October 13, 2025 14:12

Copilot AI reviewed Oct 13, 2025

View reviewed changes

robertatakenaka requested a review from pitangainnovare October 13, 2025 14:17

eduranm added 3 commits October 17, 2025 12:22

model_ai: corrige etiqueta de i18n y refuerza unicidad de LlamaModel …

95e6d31

…en save()

reference: renombra campo 'estatus' a 'status' y ajusta etiqueta a 'R…

192403d

…eference status' (incluye migraciones)

reference: elimina import no utilizado en wagtail_hooks.py

22fe3d1

pitangainnovare requested changes Oct 17, 2025

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robertatakenaka requested a review from Rossi-Luciano October 20, 2025 11:32

	mixed_citation = models.TextField(("Mixed Citation"), null=False, blank=True)
	mixed_citation = models.TextField(_("Mixed Citation"), null=False, blank=True)

	help_text="Rating from 1 to 10"
	help_text=_("Rating from 1 to 10")

	except TuModelo.DoesNotExist:
	except ArticleDocxMarkup.DoesNotExist:

		return ' '.join(links) if links else None


		def extractContent(self, doc, doc_path):


		return clean_text.strip()

		def extrae_Tabla(element, rels_map, namespaces):

		self.attrs.update({'disabled': 'disabled'})


		class LlamaModel(CommonControlField):

		from model_ai.tasks import download_model


		class LlamaModelCreateView(CreateView):

Incorporación de markup_doc, model_ai y utilidades en core #27

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Incorporación de markup_doc, model_ai y utilidades en core #27

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eduranm commented Sep 26, 2025

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robertatakenaka commented Oct 1, 2025

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