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docs/hello_nextflow/03_hello_workflow.it.md

@@ -74,7 +74,7 @@ A tal fine, dobbiamo fare tre cose:
 - Scrivere un nuovo processo che racchiuda il comando per la conversione in maiuscolo.
 - Chiamare il nuovo processo nel blocco del workflow e configurarlo per prendere l'output del processo `sayHello()` come input.
 
-## 1.1 Definire il comando per la conversione in maiuscolo e testarlo nel terminale
+### 1.1. Definire il comando per la conversione in maiuscolo e testarlo nel terminale
 
 Per eseguire la conversione dei saluti in maiuscolo, useremo uno strumento UNIX classico chiamato `tr` per 'text replacement' (sostituzione del testo), con la seguente sintassi:
 
@@ -98,7 +98,7 @@ HELLO WORLD
 
 Questo è ciò che proveremo a fare con il nostro workflow.
 
-### 1.1 Scrivere il passaggio di conversione in maiuscolo come un processo Nextflow
+### 1.2. Scrivere il passaggio di conversione in maiuscolo come un processo Nextflow
 
 Possiamo modellare il nostro nuovo processo sul primo, poiché vogliamo usare gli stessi componenti.
 
@@ -131,7 +131,7 @@ Qui, componiamo il secondo nome del file di output in base al nome del file di i
 
     Nextflow determinerà l'ordine delle operazioni in base alla concatenazione degli input e degli output, quindi l'ordine delle definizioni dei processi nello script del flusso di lavoro non è importante. Tuttavia, ti consigliamo di essere gentile con i tuoi collaboratori e con il futuro te stesso, e cercare di scriverle in un ordine logico per motivi di leggibilità."
 
-### 1.2 Aggiungi una chiamata al nuovo processo nel blocco del workflow
+### 1.3. Aggiungi una chiamata al nuovo processo nel blocco del workflow
 
 Ora dobbiamo dire a Nextflow di chiamare effettivamente il processo che abbiamo appena definito.
 
@@ -158,7 +158,7 @@ Nel blocco del workflow, apporta la seguente modifica al codice:
 
 Questo non è ancora funzionante perché non abbiamo specificato cosa deve essere l'input per il processo `convertToUpper()`.
 
-### 1.3 Passare l'output del primo processo al secondo processo
+### 1.4. Passare l'output del primo processo al secondo processo
 
 Ora dobbiamo fare in modo che l'output del processo `sayHello()` fluisca nel processo `convertToUpper()`.
 
@@ -185,7 +185,7 @@ Nel blocco del workflow, apporta la seguente modifica al codice:
 
 Per un caso semplice come questo (un output a un input), è tutto ciò che dobbiamo fare per connettere due processi!
 
-### 1.4 Esegui di nuovo il flusso di lavoro con `-resume`
+### 1.5. Esegui di nuovo il flusso di lavoro con `-resume`
 
 Eseguiamo di nuovo il flusso di lavoro utilizzando il flag `-resume`, poiché abbiamo già eseguito con successo il primo passaggio del workflow.
 
@@ -772,7 +772,7 @@ Nel blocco del processo `collectGreetings`, apporta la seguente modifica al codi
 
 La variabile `count_greetings` verrà calcolata durante l'esecuzione.
 
-### 4.1.2. Emissione del conteggio come output con nome
+#### 4.1.2. Emissione del conteggio come output con nome
 
 In linea di principio, tutto ciò che dobbiamo fare è aggiungere la variabile `count_greetings` al blocco `output:`.
 

docs/hello_nextflow/03_hello_workflow.md

@@ -98,7 +98,7 @@ HELLO WORLD
 
 That's basically what we're going to try to do with our workflow.
 
-### 1.1. Write the uppercasing step as a Nextflow process
+### 1.2. Write the uppercasing step as a Nextflow process
 
 We can model our new process on the first one, since we want to use all the same components.
 
@@ -132,7 +132,7 @@ Here, we compose the second output filename based on the input filename, similar
     Nextflow will determine the order of operations based on the chaining of inputs and outputs, so the order of the process definitions in the workflow script does not matter.
     However, we do recommend you be kind to your collaborators and to your future self, and try to write them in a logical order for the sake of readability.
 
-### 1.2. Add a call to the new process in the workflow block
+### 1.3. Add a call to the new process in the workflow block
 
 Now we need to tell Nextflow to actually call the process that we just defined.
 
@@ -159,7 +159,7 @@ In the workflow block, make the following code change:
 
 This is not yet functional because we have not specified what should be input to the `convertToUpper()` process.
 
-### 1.3. Pass the output of the first process to the second process
+### 1.4. Pass the output of the first process to the second process
 
 Now we need to make the output of the `sayHello()` process flow into the `convertToUpper()` process.
 
@@ -186,7 +186,7 @@ In the workflow block, make the following code change:
 
 For a simple case like this (one output to one input), that's all we need to do to connect two processes!
 
-### 1.4. Run the workflow again with `-resume`
+### 1.5. Run the workflow again with `-resume`
 
 Let's run this using the `-resume` flag, since we've already run the first step of the workflow successfully.
 
@@ -773,7 +773,7 @@ In the `collectGreetings` process block, make the following code change:
 
 The `count_greetings` variable will be computed at runtime.
 
-### 4.1.2. Emit the count as a named output
+#### 4.1.2. Emit the count as a named output
 
 In principle all we need to do is to add the `count_greetings` variable to the `output:` block.
 

docs/hello_nextflow/04_hello_modules.it.md

@@ -93,7 +93,7 @@ Creeremo un file stub per il modulo, copieremo il codice pertinente e lo cancell
 
 A questo punto, basterà aggiungere una dichiarazione di importazione, in modo che Nextflow sappia che deve inserire il codice in questione in fase di esecuzione.
 
-### 2.1.1. Creare un file stub per il nuovo modulo
+### 2.1. Creare un file stub per il nuovo modulo
 
 Creiamo un file vuoto per il modulo, chiamato `sayHello.nf`.
 

docs/hello_nextflow/04_hello_modules.md

@@ -93,7 +93,7 @@ We're going to create a file stub for the module, copy the relevant code over th
 
 Then all we'll need to do is add an import statement so that Nextflow will know to pull in the relevant code at runtime.
 
-### 2.1.1. Create a file stub for the new module
+### 2.1. Create a file stub for the new module
 
 Let's create an empty file for the module called `sayHello.nf`.
 

docs/hello_nextflow/05_hello_containers.it.md

@@ -127,7 +127,7 @@ community.wave.seqera.io/library/cowpy:1.1.5--3db457ae1977a273
 
 Una volta completato il download, si ha una copia locale dell'immagine del container.
 
-### 1.2. utilizzare il container per eseguire cowpy come comando singolo.
+### 1.2. Utilizzare il container per eseguire cowpy come comando singolo
 
 Un modo molto comune di utilizzare i container è quello di eseguirli direttamente, cioè in modo non interattivo.
 Questo è ottimo per eseguire comandi una tantum.
@@ -165,7 +165,7 @@ Esegui per produrre il seguente output:
 
 Il sistema avvia il container, esegue il comando cowpy con i suoi parametri, invia l'output alla console e infine chiude l'istanza del container.
 
-### 1.3.Ustilizzare il conatienr per eseguire cowpu in modo interattivo
+### 1.3. Ustilizzare il container per eseguire cowpy in modo interattivo
 
 E anche possibile eseguire un conatiner in modo interattivo, in modo da avere un prompt di shell all'interno del container e poter giocare con i comandi.
 
@@ -355,7 +355,7 @@ Ciò significa che puoi utilizzare qualsiasi immagine di container desideri per
 
 Per dimostrarlo, aggiungeremo un passaggio `cowpy` alla pipeline che stiamo sviluppando, dopo il passaggio `collectGreetings`.
 
-### 2.1.Scrivi un modulo `cowpy`
+### 2.1. Scrivi un modulo `cowpy`
 
 #### 2.1.1. Crea uno stub di file per il nuovo modulo
 
@@ -533,7 +533,7 @@ Command error:
 Questo codice di errore, `error exit status (127)`, significa che l'eseguibile richiesto non è stato trovato.
 Naturalmente, dato che stiamo chiamando lo strumento `cowpy` ma non abbiamo ancora specificato un container.
 
-### 2.3.Utilizzare un container per l'esecuzione
+### 2.3. Utilizzare un container per l'esecuzione
 
 Dobbiamo specificare un container e dire a Nextflow di usarlo per il processo `cowpy()`.
 

docs/hello_nextflow/next_steps.md

@@ -12,13 +12,13 @@ Congrats again on completing the Hello Nextflow training course and thank you fo
 
 **Here are our top 3 recommendations for what you can do next to take your Nextflow skills to the next level.**
 
-### 1. See how what you just learned applies to a scientific analysis use case
+## 1. See how what you just learned applies to a scientific analysis use case
 
 **Check out the [Nextflow for Science](../nf4_science/index.md) page** for a list of short standalone courses that demonstrate how to apply the basic concepts and mechanisms presented in Hello Nextflow to common scientific analysis use cases.
 
 If you don't see your domain represented by a relatable use case, let us know in the [Community forum](https://community.seqera.io/) so we can add it to our development list.
 
-### 2. Delve into the details
+## 2. Delve into the details
 
 In the Hello Nextflow course, we keep the level of technical complexity low on purpose to avoid overloading you with information you don't need in order to get started with Nextflow.
 As you move forward with your work, you're going to want to learn how to use the full feature set and power of Nextflow.
@@ -27,7 +27,7 @@ To that end, we are currently working on a collection of Side Quests, which are
 
 In the meantime, feel free to **browse the [Fundamentals Training](../basic_training/index.md) and [Advanced Training](../advanced/index.md)** to find training exercises about the topics that interest you.
 
-### 3. Learn how to use nf-core resources and the Seqera Platform
+## 3. Learn how to use nf-core resources and the Seqera Platform
 
 **The [nf-core project](https://nf-co.re/) is a worldwide collaborative effort to develop standardized open-source pipelines for a wide range of scientific research applications.**
 It includes [over 100 pipelines](https://nf-co.re/pipelines/) that are available for use out of the box and [well over 1400 process modules](https://nf-co.re/modules/) that can be integrated into your own projects, as well as a rich set of developer tools.