GENOaligner

Outil d'analyse et d'alignement de séquences génomiques

Présentation

GENOaligner (Genomics Aligner) est un outil qui sert à représenter l'algorithme d'alignement de Needleman-Wunsch. Cette technique est couramment utilisé par les bio-informaticiens pour faire un alignement globale maximale de deux séquences génomiques afin de ressortir les régions homologues.

Ce projet a été réalisé pour le module de Projet de Programmation en Deuxième année de licence Informatique à l'Université de Paris Cité.

Contributeurs :

• Ben Abdallah Montassar
• Bouzid Lyna
• Mohamed Halim Nafyssata
• Mkouboi Mounia
• Nur Akbas Aleysa

Structure du projet

• Src: dossier qui contient le code sources représenté par les trois packages Model, Vue et Controller.
• Image: dossier qui contient les images utilisées.

Exécution du code

Récupérer le projet :

1. Clonez le projet depuis le dépôt distant :

SSH:

git@gaufre.informatique.univ-paris-diderot.fr:projet-s4/GENOaligner.git

HTTP:

git clone https://gaufre.informatique.univ-paris-diderot.fr/projet-s4/GENOaligner.git

2. Naviguez dans le dossier ainsi cloné :

cd GENOaligner

Lancer le Logiciel :

1. Compiler : Sur Windows :

gradlew build

Sur Linux / MacOS :

chmod +x gradlew
./gradlew build

2. Lancer : Sur Windows :

java -jar build\libs\GENOaligner.jar

Sur Linux / MacOS :

java -jar ./build/libs/GENOaligner.jar