639_AOCR

環境設置

git clone https://github.com/hsuanyu414/639_AOCR.git
cd 639_AOCR

• python 請使用 3.12.0
• 安裝相關套件

pip install -r requirements.txt

標記工具

Usage

• 執行 main.py

python ./main.py

介面&操作說明

• 關於標記csv檔
  • 所有標記皆須透過 Save to CSV 按鈕進行存檔
  • 程式預設的標記csv檔案存放路徑為./mask_csv資料夾
  • 若程式執行時同路徑下未有此資料夾，會自動創建
  • 標記csv檔案皆會儲存在./mask_csv，若程式所在路徑有變動，儲存位置也會隨之改變，請特別留意
• Select Folder: 選擇CT圖所在資料夾，檔案會顯示在右側 box 中
  • 點擊 box 中檔案，CT圖即會顯示在左側 view 中，若./mask_csv中有該圖相對應的標記檔案，程式將會自動載入，方便查看先前的標記結果

Main View: 顯示CT圖三個視角

• 按住滑鼠左鍵並拖曳黃色小視窗，視窗內放大圖會同步顯示於右側Focus View
• 利用滑鼠滾輪可以檢視同一視角下不同slice的狀態
• Focus View 下的 slider 可以分別對x, y, z方向調整顯示的slice

Focus View: 顯示黃色視窗中的放大圖

• 按住滑鼠左鍵並拖曳可以在放大圖內進行標記，標記位置會呈現綠色，所標記的位置會記錄在右下方 Coord List box 中
• 按住滑鼠右鍵並拖曳可以在放大圖內消除標記，右下 box 中的紀錄會同時變動
• 滑鼠滾輪可以放大 / 縮小黃色小視窗，方便調整 Focus View 可見範圍
• Window Size slider 同樣可以調整黃色小視窗大小
• Green Mask Alph slider 可以調整綠色標記的透明度
• Red Line Alph slider 可以調整紅色十字線的透明度
• Record Coord 按鈕可以對目前紅十字線所在位置進行標記
• Delete Coord 按鈕可以刪除在Coord List box 內所選取的標記資料

Coord List box: 顯示標記位置

• 滑鼠點擊兩下 box 內座標可以在 Main/Focus View查看該座標位置圖像
• Sort by ... 按鈕可以選擇如何對 Coord List box 內座標進行排序
  • sort by value: 根據 (x, y, z) 值排序
  • sort by add time: 根據標記時間排序
• Restore CSV 按鈕會重新讀取該圖像的.csv 標記檔案，須注意會清除所有為儲存的標記資料
• Save to CSV 按鈕會將 box 內資料彙整為 csv 檔儲存至 ./mask_csv，儲存成功會跳出視窗
• Clear All 按鈕會清除目前 box 內所有資料，並不會影響csv檔案

範例影片

Youtube Link

顯示參數

• window width: 400
• window level: 40

轉換工具

usage:

• 將資料放入 ./Data/ 資料夾中
• 執行 id2serial.py [--action ACTION]
  • ACTION
    • to_serial: 將資料夾中的資料轉換成 serial number 編號
    • to_id: 將資料夾中的資料轉換成 id 編號