pubmed 文献推送应用

2022-09-13

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如果我想关注某个科研领域的最新成果，我会去 pubmed 通过关键词检索，然后查看最近发表的文献。 比如我比较关注 AAV 领域，那么设置一个关键词 "((aav) or (raav)) not (anca)" 就会检索到相关的文献列表，设置一下排序方式，按照最新发表的时间排序，就可以查看自己感兴趣的文献了。 但是每天新发的文献很少或者根本没有，所以要攒一攒文献量再定期去查，就想做一个自动定期推送文献的脚本，每周/月把相关的新文献列表发送到手机/邮件里。

程序的主体思路

首先做一个 pubmed 的爬虫，把每周新发表的文献相关信息列表爬出来。 pubmed 爬到的信息包括：发表时间、杂志、作者、摘要、文献类型等等，把这些信息做成 excel 文件。 再写一个自动邮件发送的脚本，发送到个人邮箱里。代码见https://github.com/datugou/PubMed_papers/blob/main/send_email_pubmed_papers.py。 最后设置一个 GitHub Action 每周定时执行一下上面的脚本。代码见<>。

一个简单的文献推送应用就做好了！

补充

给文献标出杂志的影响因子

可是每周很多文献我不想全去看，只想要看好的文献，把灌水的过滤掉。pubmed 的信息只有杂志名称，需要再写一个通过杂志名查影响因子的爬虫。 在网上随便找了俩个查影响因子的网站 https://www.medsci.cn/ 和 https://www.letpub.com.cn/，可以查到 IF、CS、cts（不知道这三个分的区别是啥，都爬下来了）和 JCR 分区。

最后就得到了这样的文献列表：

设置邮箱信息的 secrets 值，避免暴露个人隐私信息

在 Settings → Secrets → Dependabot → New repository secret 设置邮箱服务器信息。 需要填写以下内容，163 邮箱信息获取教程。