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clairetn/usecase2

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usecase2

Contexte :

  • une equipe recherche soumet un projet (ex. comparaison de 4 espèces, données RNAseq, expression différentielle) : on doit faire les analyses
  • imaginer l'analyse avec le fait qu'elle pourra être redemandée par une autre équipe
  • tout n'est pas identique mais réfléchir aux étapes communes
  • potentiellement plusieurs à travailler (ou reprise par une autre personne de la plateforme)

Objectifs de repoductibilité à atteindre :

  • aller-retours réguliers avec l'équipe
  • documenter le travail au fur et à mesure
  • rendu final
  • que l'équipe puisse refaire l'analyse seule (soit les former, soit qqch de clic bouton)

Moyens à mettre en place :

  • identifier les outils tiers nécessaires pour réaliser le projet (avec leur version)
  • outils pour : documenter, communiquer, faire le compte-rendu, empaqueter l'analyse et les outils
  • choisir les ressources de calculs : en local, IFB, genotoul (+ de place mais + de monde-)

on réfléchi par ordre chronologique de développement :

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