Repositorio del curso "Análisis de microbiomas en R"
Este curso tiene como objetivo proporcionar una comprensión integral del análisis de microbiomas utilizando R, específicamente a través de la librería microeco. Los participantes aprenderán a cargar, manipular y normalizar datos de microbiomas, así como a calcular abundancias relativas, realizar análisis de diversidad alfa y beta, y generar representaciones gráficas. Utilizando Google Colaboratory como plataforma, el curso es accesible para todos los niveles, desde principiantes hasta profesionales, sin necesidad de experiencia previa en bioinformática. Además, se promueve el aprendizaje práctico con herramientas estadísticas que facilitan la interpretación y análisis de datos microbiológicos.
Al finalizar este curso, los participantes serán capaces de:
- Cargar y preparar datos de microbiomas generados por Quiime2 en R utilizando la librería microeco.
- Manipular y normalizar datos microbiológicos, incluyendo el cálculo de abundancias relativas.
- Realizar análisis de diversidad alfa y beta para evaluar la variabilidad de la composición bacteriana en las muestras.
- Aplicar herramientas estadísticas para interpretar los resultados de los análisis de diversidad y realizar pruebas de hipótesis.
- Generar representaciones gráficas como gráficos de barras, boxplots y mapas de calor para visualizar la composición y diversidad microbiológica.
- Interpretar los resultados en el contexto de un análisis de microbiomas, utilizando visualizaciones y estadísticas descriptivas.
El curso está dirigido a estudiantes, investigadores o profesionales clínicos/sanitarios que tengan conocimientos previos de Quiime2 y conocimientos básicos de R.
El curso utilizará Google Colaboratory, el cual es gratuito, pero requiere una cuenta de Google para su uso. Las cuentas de Google son gratuitas.
Agradecemos a Daniel López Juárez, quien desarrolló este curso, por su valiosa contribución y esfuerzo en la creación de este material educativo.
Módulo 1: Introducción a Google Colaboratory
Para comenzar, vaya a https://colab.research.google.com/.
En la página de inicio de Colab, seleccione "Archivo" y luego "Abrir bloc de notas".
Hay una pestaña para "GitHub"; seleccione esa pestaña y pegue la siguiente URL en la barra de búsqueda debajo de "Ingresa una URL de GitHub o realiza una búsqueda por organización o usuario":
https://github.com/cabana-online/Microbiomas_en_R
Después de una breve búsqueda verá el notebook:
01.Introduccion.ipynb
Seleccione y verá el notebook abierto.
Para ejecutar las celdas, deberá iniciar sesión con su cuenta de Google (es libre de hacer una cuenta). El uso de Colab es gratis.
Nota: existen limitaciones en la versión gratuita, pero no serán alcanzadas en este curso.
Para comenzar, vaya a https://colab.research.google.com/.
En la página de inicio de Colab, seleccione "Archivo" y luego "Abrir bloc de notas".
Hay una pestaña para "GitHub"; seleccione esa pestaña y pegue la siguiente URL en la barra de búsqueda debajo de "Ingresa una URL de GitHub o realiza una búsqueda por organización o usuario":
https://github.com/cabana-online/Microbiomas_en_R
Después de una breve búsqueda verá el notebook:
02.Analisis _de _Microbiomas _en _R.ipynb
Seleccione y verá el notebook abierto.
Para ejecutar las celdas, deberá iniciar sesión con su cuenta de Google (es libre de hacer una cuenta). El uso de Colab es gratis.
Nota: existen limitaciones en la versión gratuita, pero no serán alcanzadas en este curso.