RNA-seq Analysis Workflow

Ce dépôt contient l'ensemble des outils et méthodes pour l'analyse de données RNA-seq.

Structure du projet

RNA-seq/
├── 01_Quality_Control/           # Contrôle qualité des données brutes
├── 02_Alignment/                 # Alignement des reads sur le génome de référence
├── 03_Quantification/           # Quantification des gènes/transcrits
├── 04_Differential_Expression/   # Analyse d'expression différentielle
├── 05_Functional_Analysis/      # Analyse fonctionnelle (GO, KEGG, etc.)
├── 06_Visualization/            # Scripts et outils de visualisation
├── 07_Reports/                  # Templates pour les rapports d'analyse
└── scripts/                     # Scripts utilitaires et pipelines

Prérequis

• Python 3.8+
• R 4.0+
• Conda/Miniconda
• Les packages nécessaires sont listés dans environment.yml

Installation

1. Cloner ce dépôt
2. Créer l'environnement conda :

conda env create -f environment.yml

Utilisation

Chaque dossier contient :

• Un README détaillant les étapes spécifiques
• Les scripts nécessaires
• Les fichiers de configuration
• Des exemples de commandes

Workflow

1. Contrôle Qualité

   • FastQC
   • MultiQC
   • Trimming (Trimmomatic, Cutadapt)

2. Alignment

   • STAR
   • HISAT2
   • Salmon

3. Quantification

   • featureCounts
   • HTSeq
   • Salmon

4. Expression Différentielle

   • DESeq2
   • edgeR
   • limma-voom

5. Analyse Fonctionnelle

   • GO enrichment
   • KEGG pathway
   • GSEA

6. Visualisation

   • PCA
   • Heatmaps
   • Volcano plots
   • MA plots

Licence

MIT