这里是动手学生物信息学学习教程。
主要内容为

• 环境部署

• 前置知识讲解

• 针对Harvard Stat 115/215课程的Lab和Homework内容的实战讲解。
  

内容了加入自己的理解和改动，并用Python和R复现，一台普通的笔记本电脑就可以跑我教程中的分析。
每个教程是一个目录，readme.md即为教程正文，教程基本会配有一个相同内容ipynb记事本文件。
本教程中的实战基本会用Python和R分别实现。

主要参考课程：哈佛大学生物信息学（Harvard Stat 115/215）。
原课程地址：https://liulab-dfci.github.io/bioinfo-combio/
教学资料：https://liulab-dfci.github.io/teaching
课程Homework：https://github.com/7insong/stat115_hw

目录：

• 预备章节1 用Anaconda管理R语言环境，用Jupyter Notebook编写R语言

• 预备章节2 R基础

• 预备章节3 Windows下部署Linux系统和开发环境

• Chapter 1 RNA-Seq 数据处理与分析：比对、质量控制与定量 （RNA-Seq Data Processing and Analysis: Alignment, Quality Control, and Quantification）

  • Section 1-1 用 STAR 进行 RNA-seq 测序比对 （STAR alignment）

  • Section 1-2 RNA-Seq 质量控制 （RNA-Seq quality control）

  • Section 1-3 RNA-Seq 定量 （RNA-Seq quantification）

  • Section 1-4 RSEM与Salmon结果对比 （Compare RSEM vs Salmon）