Hola,

El siguiente código esta basado en el código proporcionado por ATGenomics.

El siguiente código tiene como objetivo principal

• Búsqueda de secuencias codificantes de proteínas asociadas a la resistencia antimicrobiana en Pseudomonas aeruginosa.

Para ello se requiere de la instalación de los siguientes paquetes:

• Pandas para manejo general de datos
• pyCirclize para visualizar nuestros datos genómicos
• pyrodigal para la predicción de genes codificantes
• requests para interactuar con las APIs de NCBI, UniProt e InterProScan
• seaborn para visualizar algunas de las propiedades genómicas obtenidas
• subprocess ejecutar comandos fuera del entorno de python
• BioPython para el manejo de secuencias
• io para conectar las entradas y salidas de los distintos programas Un archivo credentials.py donde se almacene las llaves de acceso para la API de NCBI. Además de la instalación local de BLAST+, se puede obtener mayor información a tráves del siguiente link: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK569861/ y el paquete a descargar de acuerdo a su sistemas operativo aqui ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

En el código se utlizan bases de datos de Genome-NCBI, Uniprot y IO, con las palabras clave de Pseudomonas aeruginosa, resistencia antibiotica. El código se puede ejecutar tanto en Colab como en un notebook de Jupyter, sin embargo este ultimo es la mejor opción. Dentro del código se pueden encontrar diferentes archivos de entrada como de salida, como lo son variables, funciones, dataframes y graficos que nos ayudan a interpretar los datos de una mejor manera. En el documento .pynb se describe de manera mas detallada. https://colab.research.google.com/drive/1cjsSOft-p_GzhXxnhMvdn02qjEgZ-oxg?usp=sharing