AAFC’s Hub for Reproducible Bioinformatics Code & Pipelines
AAFC-Bioinfo-AAC is the central hub for reproducible bioinformatics code and computational pipelines developed by Agriculture and Agri-Food Canada (AAFC).
All repositories published here follow AAFC-endorsed guidelines and Government of Canada open-source best practices.
- Code catalogue: browse all published code repositories.
- Quickstart guide: learn how to use and contribute to
AAFC-Bioinfo-AAC.
- General inquiries: email BRSN with subject:
AAFC-Bioinfo-AAC: <summary> - Report security issues: email BICoE. 🚫 Do not post sensitive information publicly.
The AAFC-Bioinfo-AAC GitHub organization account, managed by AAFC's Science Solutions and Innovation (SSI), was launched as a key deliverable of the
AAFC Bioinformatics Code Catalogue (ABCC) project, led by members of AAFC's Bioinformatics Research Support Network (BRSN). The project aims to:
- provide a centralized platform for version-controlled code, computational pipelines, and analytical resources;
- promote standardized code development practices;
- facilitate code reuse and transparency in accordance with Government of Canada guidances on Open-source code publication and FAIR-aligned practices;
- simplify and streamline the code publication process.
By sharing and using bioinformatics code and pipelines through AAFC-Bioinfo-AAC, you help grow a reliable, reusable, and highly visible collection of tools that strengthen AAFC’s bioinformatics capacity. Your contributions will:
- advance reproducible science by aligning with open and FAIR principles.
- meet AAFC and Government of Canada standards for quality, transparency, and security/IP-reviewed code publication.
- boost visibility and collaboration across the bioinformatics and agricultural science communities.
- support scientific outputs by complementing and enhancing related publications.
Your contributions will not only benefit AAFC researchers but also reinforce Canada’s commitment to open science and innovation.
Le centre d’AAC pour le code et les pipelines bioinformatiques reproductibles
AAFC-Bioinfo-AAC est le centre principal pour le code bioinformatique reproductible et les pipelines computationnels développés par Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC).
Tous les dépôts publiés ici respectent les lignes directrices approuvées par AAC ainsi que les meilleures pratiques du Gouvernement du Canada en matière de code source ouvert.
- Répertoire de codes: parcourir tous les dépôts de code publiés.
- Guide de démarrage rapide: apprenez à utiliser et à contribuer à
AAFC-Bioinfo-AAC.
- Questions générales: envoyez un courriel au RSRB avec l’objet:
AAFC-Bioinfo-AAC: <sommaire> - Signaler un problème de sécurité: envoyez un courriel au BICoE. 🚫 Ne publiez pas d’informations sensibles publiquement.
Le compte d’organisation GitHub AAFC-Bioinfo-AAC, géré par Solutions scientifiques et innovation (SSI) d'AAC, a été lancé en tant que livrable principal du projet de
Répertoire de Codes Bioinformatique d'AAC (RCBA), dirigé par des membres du Réseau de Soutien à la Recherche en Bioinformatique (RSRB) d'AAC. Le projet vise à:
- fournir une plateforme centralisée pour le code à version contrôlée, de pipelines informatiques et de ressources analytiques;
- promouvoir des pratiques normalisées de développement de code;
- faciliter la réutilisation du code et la transparence selon les lignes directrices du Gouvernement du Canada sur la publication de code source libre et aux pratiques conformes à la norme FAIR;
- simplifier et rationaliser le processus de publication du code.
En partageant et en utilisant du code et des chaînes de traitement bio-informatiques via AAFC-Bioinfo-AAC, vous contribuez à développer une collection fiable, réutilisable et hautement visible d’outils qui renforcent la capacité en bio-informatique d’AAC. Vos contributions permettront :
- de faire progresser la science reproductible en s’alignant sur les principes ouverts et FAIR.
- de respecter les normes d’AAC et du gouvernement du Canada en matière de qualité, de transparence et de publication de code révisé sur le plan de la sécurité et de la propriété intellectuelle.
- d’accroître la visibilité et la collaboration au sein des communautés de la bio-informatique et des sciences agricoles.
- de soutenir la production scientifique en complétant et en renforçant les publications connexes.
Vos contributions bénéficieront non seulement aux chercheurs d’AAC, mais elles renforceront également l’engagement du Canada envers la science ouverte et l’innovation.