Micro/Mamba 安装与注意事项

[shenweiyan]

记录一下 Micromamba/Mamba 安装的步骤和注意事项。

Mamba 安装

Mamba 可以使用 Mambaforge 方法和已有 Mini/conda 的方式安装，官方推荐的是前面一种，即使用 Mambaforge 进行全新安装。

全新安装

关于 mamba 的安装，官方推荐 Fresh install，即全新安装。

We recommend that you start with the Mambaforge distribution. Mambaforge comes with the popular conda-forge channel preconfigured, but you can modify the configuration to use any channel you like. Note that Anaconda channels are generally incompatible with conda-forge, so you should not mix them.
我们建议您从 Mambaforge 发行版开始。 Mambaforge 预配置了流行的 conda-forge 通道，但您可以修改配置以使用您喜欢的任何通道。请注意，Anaconda 通道通常与 conda-forge 不兼容，因此您不应混合使用它们。

其实就是：

1. 先去 Mambaforge distribution 下载 Mambaforge-Linux-x86_64.sh。
2. 执行 sh Mambaforge-Linux-x86_64.sh 安装命令。

在已有的 conda 中安装

官方文档中明确说不推荐这种安装 Mamba 的方式，他们强烈建议使用 Mambaforge 方法（见上文）。

这种方法，要获取 mamba ，其实只需将其从 conda-forge 通道安装到基础环境中即可；但是需要注意 Installing mamba into any other environment than base is not supported，即不支持将 mamba 安装到 base 之外的任何其他环境中。

首先，安装 Miniconda。

参考 https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html，下载完 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，sh 执行一下就可以安装了。

sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

然后，安装 mamba。

~/miniconda3/bin/conda install -c conda-forge mamba

For both mamba and conda, the base environment is meant to hold their dependencies. It is strongly discouraged to install anything else in the base envionment. Doing so may break mamba and conda installation.
对于 mamba 和 conda ， base 环境旨在保存它们的依赖关系。强烈建议不要在基础环境中安装任何其他东西。这样做可能会破坏 mamba 和 conda 安装。

Micromamba 安装

参考 https://mamba.readthedocs.io/en/latest/micromamba-installation.html。

micromamba is a fully statically-linked, self-contained, executable. This means that the base environment is completely empty. The configuration for micromamba is slighly different, namely all environments and cache will be created by default under the MAMBA_ROOT_PREFIX environment variable. There is also no pre-configured .condarc/.mambarc shipped with micromamba (they are however still read if present).
micromamba 是一个完全静态链接的、独立的可执行文件。这意味着 base 环境完全是空的。micromamba 的配置略有不同，即默认情况下将在 MAMBA_ROOT_PREFIX 环境变量下创建所有环境和缓存。micromamba 也没有预配置的 .condarc / .mambarc（但是，如果存在，它们仍然会被读取）。

脚本安装

如果您使用的是 macOS、Linux 或 Windows 上的 Git Bash，则有一种简单的安装方法 micromamba。只需在您喜欢的 shell 中执行安装脚本即可。

对于 Linux、macOS 或 Windows 上的 Git Bash，请使用以下命令安装：

"${SHELL}" <(curl -L micro.mamba.pm/install.sh)

自动更新

安装后，micromamba 可以通过下面的方式更新：

micromamba self-update

可以指定显式版本：

micromamba self-update --version 1.4.6

手动更新

Linux 和 macOS

下载并解压可执行文件（来自官方 conda-forge 包）即可。

其实，这就等同于我们直接去 https://github.com/mamba-org/micromamba-releases/releases 下载对应平台的二进制文件，或者 tar.bz2 文件，然后解压缩，把 bin/micromamba 部分提出来使用。

确保安装了基本实用程序。我们需要 curl 和 tar 并支持 bzip2 。此外，您还需要一个基于 glibc 的系统，例如 Ubuntu、Fedora 或 Centos（Alpine Linux 本身无法运行）。

以下 magic URL 始终返回 micromamba 的最新可用版本，并且使用 tar 自动提取 bin/micromamba 部分。

# Linux Intel (x86_64):
curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-64/latest | tar -xvj bin/micromamba
# Linux ARM64:
curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-aarch64/latest | tar -xvj bin/micromamba
# Linux Power:
curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-ppc64le/latest | tar -xvj bin/micromamba
# macOS Intel (x86_64):
curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/osx-64/latest | tar -xvj bin/micromamba
# macOS Silicon/M1 (ARM64):
curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/osx-arm64/latest | tar -xvj bin/micromamba

提取完成后，我们就可以使用 micromamba 二进制文件了。

如果您想在临时用例中快速使用 micromamba，您可以运行：

export MAMBA_ROOT_PREFIX=/some/prefix  # optional, defaults to ~/micromamba
eval "$(./bin/micromamba shell hook -s posix)"

这个 shell hook 会修改您的 shell 变量以包含 micromamba 命令。

如果您想保留这些更改，可以通过运行 ./micromamba shell init ... 自动将它们写入 .bashrc （或 .zshrc ）。这还允许您选择自定义 MAMBA_ROOT_ENVIRONMENT，这是包和 repodata 缓存所在的位置。

# Linux/bash:
./bin/micromamba shell init -s bash -p ~/micromamba  # this writes to your .bashrc file
# sourcing the bashrc file incorporates the changes into the running session.
# better yet, restart your terminal!
source ~/.bashrc

# macOS/zsh:
./micromamba shell init -s zsh -p ~/micromamba
source ~/.zshrc

现在您可以激活基本环境并安装新软件包，或创建其他环境。

micromamba activate  # this activates the base environment
micromamba install python=3.6 jupyter -c conda-forge
# or
micromamba create -n env_name xtensor -c conda-forge
micromamba activate env_name

专有的 conda-forge 设置可以配置为：

micromamba config append channels conda-forge
micromamba config append channels nodefaults
micromamba config set channel_priority strict