-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 44
Open
Description
get_chebiid()
returns max 200 hits by default and limiting hits works fine:
webchem::get_chebiid("C#C", from = "smiles", max_res = 10)$chebiid
#> [1] "CHEBI:35328" "CHEBI:51972" "CHEBI:62743" "CHEBI:79065" "CHEBI:62474"
#> [6] "CHEBI:51089" "CHEBI:32882" "CHEBI:74165" "CHEBI:167520" "CHEBI:167521"
Created on 2025-07-15 with reprex v2.1.1
If I look for C#C online there are way more hits for this query (more than 10k).
I tried setting a huge number to get all of them, but then it just defaults to 200:
webchem::get_chebiid("C#C", from = "smiles", max_res = 1e+05)$chebiid
#> [1] "CHEBI:35328" "CHEBI:51972" "CHEBI:62743" "CHEBI:79065" "CHEBI:62474"
#> [6] "CHEBI:51089" "CHEBI:32882" "CHEBI:74165" "CHEBI:167520" "CHEBI:167521"
#> [11] "CHEBI:35330" "CHEBI:45657" "CHEBI:37609" "CHEBI:3136" "CHEBI:133327"
#> [16] "CHEBI:9638" "CHEBI:35336" "CHEBI:62480" "CHEBI:62481" "CHEBI:91221"
#> [21] "CHEBI:91223" "CHEBI:132450" "CHEBI:85932" "CHEBI:88265" "CHEBI:6602"
#> [26] "CHEBI:15948" "CHEBI:62466" "CHEBI:177905" "CHEBI:177907" "CHEBI:180470"
#> [31] "CHEBI:180471" "CHEBI:51091" "CHEBI:132025" "CHEBI:132325" "CHEBI:141560"
#> [36] "CHEBI:142625" "CHEBI:165735" "CHEBI:22610" "CHEBI:22612" "CHEBI:26541"
#> [41] "CHEBI:90077" "CHEBI:8907" "CHEBI:17546" "CHEBI:27049" "CHEBI:28627"
#> [46] "CHEBI:35331" "CHEBI:62450" "CHEBI:63065" "CHEBI:77474" "CHEBI:77579"
#> [51] "CHEBI:79063" "CHEBI:80134" "CHEBI:80167" "CHEBI:83043" "CHEBI:87530"
#> [56] "CHEBI:132451" "CHEBI:138599" "CHEBI:138600" "CHEBI:139179" "CHEBI:141222"
#> [61] "CHEBI:132246" "CHEBI:132259" "CHEBI:18092" "CHEBI:62742" "CHEBI:35309"
#> [66] "CHEBI:45707" "CHEBI:62449" "CHEBI:62505" "CHEBI:80214" "CHEBI:16833"
#> [71] "CHEBI:27547" "CHEBI:27740" "CHEBI:35332" "CHEBI:53157" "CHEBI:62463"
#> [76] "CHEBI:80133" "CHEBI:87246" "CHEBI:138919" "CHEBI:143013" "CHEBI:53153"
#> [81] "CHEBI:53161" "CHEBI:53166" "CHEBI:65210" "CHEBI:72647" "CHEBI:88267"
#> [86] "CHEBI:90866" "CHEBI:90867" "CHEBI:91293" "CHEBI:136535" "CHEBI:137361"
#> [91] "CHEBI:140238" "CHEBI:140316" "CHEBI:2700" "CHEBI:15843" "CHEBI:32389"
#> [96] "CHEBI:32395" "CHEBI:34306" "CHEBI:37834" "CHEBI:52449" "CHEBI:60943"
#> [101] "CHEBI:65341" "CHEBI:65342" "CHEBI:66291" "CHEBI:71488" "CHEBI:71563"
#> [106] "CHEBI:72853" "CHEBI:73152" "CHEBI:75913" "CHEBI:76180" "CHEBI:76185"
#> [111] "CHEBI:76188" "CHEBI:76499" "CHEBI:76624" "CHEBI:76633" "CHEBI:76965"
#> [116] "CHEBI:77222" "CHEBI:77227" "CHEBI:77229" "CHEBI:77231" "CHEBI:77232"
#> [121] "CHEBI:77233" "CHEBI:77234" "CHEBI:77235" "CHEBI:77236" "CHEBI:77526"
#> [126] "CHEBI:77528" "CHEBI:77532" "CHEBI:77534" "CHEBI:77535" "CHEBI:77536"
#> [131] "CHEBI:77538" "CHEBI:77539" "CHEBI:77577" "CHEBI:78033" "CHEBI:83030"
#> [136] "CHEBI:83344" "CHEBI:84856" "CHEBI:84873" "CHEBI:84876" "CHEBI:85929"
#> [141] "CHEBI:85942" "CHEBI:85954" "CHEBI:88264" "CHEBI:90079" "CHEBI:136918"
#> [146] "CHEBI:142545" "CHEBI:191854" "CHEBI:197291" "CHEBI:229686" "CHEBI:28364"
#> [151] "CHEBI:50173" "CHEBI:50174" "CHEBI:50175" "CHEBI:53164" "CHEBI:53207"
#> [156] "CHEBI:53488" "CHEBI:58562" "CHEBI:65136" "CHEBI:71467" "CHEBI:76189"
#> [161] "CHEBI:76636" "CHEBI:76639" "CHEBI:76959" "CHEBI:76962" "CHEBI:77201"
#> [166] "CHEBI:77203" "CHEBI:77206" "CHEBI:77210" "CHEBI:77212" "CHEBI:77214"
#> [171] "CHEBI:77216" "CHEBI:77218" "CHEBI:77224" "CHEBI:77226" "CHEBI:77228"
#> [176] "CHEBI:77230" "CHEBI:77243" "CHEBI:77246" "CHEBI:77360" "CHEBI:77368"
#> [181] "CHEBI:77372" "CHEBI:77375" "CHEBI:77379" "CHEBI:77404" "CHEBI:77499"
#> [186] "CHEBI:77503" "CHEBI:77527" "CHEBI:77531" "CHEBI:77541" "CHEBI:77542"
#> [191] "CHEBI:82731" "CHEBI:83424" "CHEBI:84307" "CHEBI:84308" "CHEBI:84892"
#> [196] "CHEBI:84893" "CHEBI:84937" "CHEBI:85245" "CHEBI:85246" "CHEBI:85931"
Created on 2025-07-15 with reprex v2.1.1
get_chebiid()
should be updated such that it can just return all the hits. Maybe this should be the default?
Metadata
Metadata
Assignees
Labels
No labels