From 031f83d6e43e0c1de69d5a4f788cae4e0e8d3b84 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Hemanoel Passarelli Date: Wed, 6 Nov 2024 17:13:44 -0300 Subject: [PATCH 1/3] Translation to pt-br of the orientation page. --- docs/hello_nextflow/01_orientation.pt.md | 88 ++++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 88 insertions(+) create mode 100644 docs/hello_nextflow/01_orientation.pt.md diff --git a/docs/hello_nextflow/01_orientation.pt.md b/docs/hello_nextflow/01_orientation.pt.md new file mode 100644 index 000000000..78fe65c93 --- /dev/null +++ b/docs/hello_nextflow/01_orientation.pt.md @@ -0,0 +1,88 @@ +# Orientação + +O ambiente Gitpod contém todo o software, código e dados necessários para este curso. Você não precisa instalar nada por conta própria. No entanto, é necessária uma conta (gratuita) para logar - e você deveria reservar alguns minutos para se familiarizar com a interface. + +Caso ainda não tenha feito isso, siga [este link](../../envsetup/) antes de prosseguir. + +## Materiais fornecidos + +Ao longo deste curso, trabalharemos no diretório `hello-nextflow/`, que é carregado por padrão quando você abre o ambiente de trabalho do Gitpod. Este diretório contém todos os arquivos de código, dados de teste e arquivos auxiliares que você precisará. + +Sinta-se à vontade para explorar o conteúdo deste diretório; a maneira mais fácil de fazer isso é usando o explorador de arquivos no lado esquerdo do ambiente de trabalho do Gitpod. Alternativamente, você pode usar o comando `tree`. Ao longo do curso, usamos a saída do `tree` para representar a estrutura e o conteúdo do diretório de forma legível - às vezes com pequenas modificações para maior clareza. + + +Aqui, geramos um índice até o segundo nível: + +```bash +tree . -L 2 +``` + +Se você executar isso dentro do diretório `hello-nextflow`, verá a seguinte saída: + +```console title="Directory contents" +. +├── containers +│ ├── build +│ ├── data +│ ├── results +│ └── scripts +├── data +│ ├── bam +│ ├── greetings.csv +│ ├── ref +│ ├── sample_bams.txt +│ └── samplesheet.csv +├── hello-config +│ ├── demo-params.json +│ ├── main.nf +│ └── nextflow.config +├── hello-containers.nf +├── hello-genomics.nf +├── hello-modules +│ ├── demo-params.json +│ ├── main.nf +│ └── nextflow.config +├── hello-nf-test +│ ├── demo-params.json +│ ├── main.nf +│ ├── modules +│ └── nextflow.config +├── hello-operators.nf +├── hello-world.nf +├── nextflow.config +└── solutions + ├── hello-config + ├── hello-genomics + ├── hello-modules + ├── hello-nf-test + ├── hello-operators + └── hello-world + +18 directories, 17 files +``` + +!!!nota + + Não se preocupe se isso parecer muita informação até o momento. Nós passaremos pelas partes relevantes ao longo das etapas do curso. Isso é apenas para te dar uma visão geral. + +**Aqui está um resumo do que você deveria saber para começar:** + +- **Os arquivos `.nf`** são *scripts* de fluxo de trabalho nomeados com base na parte do curso em que são utilizados. + +- **Os diretórios `hello-*`** são usados nas partes posteriores do curso, onde trabalhamos com mais de um arquivo de fluxo de trabalho. + +- **O arquivo `nextflow.config`** é um arquivo de configuração que define propriedades mínimas do ambiente. Você pode ignorá-lo por enquanto. + +- **O diretório `data`** contém os dados de entrada que usaremos na maior parte do curso. O conjunto de dados é descrito em detalhe na Parte 3, quando o introduzimos pela primeira vez. + +- **O diretório `solutions`** contém os *scripts* de fluxo de trabalho completos resultantes de cada etapa do curso. Eles servem como referência para verificar seu trabalho e solucionar quaisquer problemas. As informações de nome e o número presentes no nome do arquivo correspondem à etapa da parte relevante do curso. Por exemplo, o arquivo `hello-world-4.nf` é o resultado esperado ao completar as etapas 1 a 4 da Parte 1: Hello World. + +!!!dica + + Se, por algum motivo, você sair deste diretório, sempre poderá executar este comando para retornar: + + ```bash + cd /workspace/gitpod/hello-nextflow + ``` + +Agora, para iniciar o curso, clique na seta no canto inferior direito desta página. From d28fc0a2991d1f2f2fc049fc99ce62b70198d0c1 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Marcel Ribeiro-Dantas Date: Wed, 6 Nov 2024 19:55:23 -0300 Subject: [PATCH 2/3] Fix linting issues --- docs/hello_nextflow/01_orientation.pt.md | 7 +++---- 1 file changed, 3 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/docs/hello_nextflow/01_orientation.pt.md b/docs/hello_nextflow/01_orientation.pt.md index 78fe65c93..243140dd8 100644 --- a/docs/hello_nextflow/01_orientation.pt.md +++ b/docs/hello_nextflow/01_orientation.pt.md @@ -10,8 +10,7 @@ Ao longo deste curso, trabalharemos no diretório `hello-nextflow/`, que é carr Sinta-se à vontade para explorar o conteúdo deste diretório; a maneira mais fácil de fazer isso é usando o explorador de arquivos no lado esquerdo do ambiente de trabalho do Gitpod. Alternativamente, você pode usar o comando `tree`. Ao longo do curso, usamos a saída do `tree` para representar a estrutura e o conteúdo do diretório de forma legível - às vezes com pequenas modificações para maior clareza. - -Aqui, geramos um índice até o segundo nível: +Aqui, geramos um índice até o segundo nível: ```bash tree . -L 2 @@ -67,7 +66,7 @@ Se você executar isso dentro do diretório `hello-nextflow`, verá a seguinte s **Aqui está um resumo do que você deveria saber para começar:** -- **Os arquivos `.nf`** são *scripts* de fluxo de trabalho nomeados com base na parte do curso em que são utilizados. +- **Os arquivos `.nf`** são _scripts_ de fluxo de trabalho nomeados com base na parte do curso em que são utilizados. - **Os diretórios `hello-*`** são usados nas partes posteriores do curso, onde trabalhamos com mais de um arquivo de fluxo de trabalho. @@ -75,7 +74,7 @@ Se você executar isso dentro do diretório `hello-nextflow`, verá a seguinte s - **O diretório `data`** contém os dados de entrada que usaremos na maior parte do curso. O conjunto de dados é descrito em detalhe na Parte 3, quando o introduzimos pela primeira vez. -- **O diretório `solutions`** contém os *scripts* de fluxo de trabalho completos resultantes de cada etapa do curso. Eles servem como referência para verificar seu trabalho e solucionar quaisquer problemas. As informações de nome e o número presentes no nome do arquivo correspondem à etapa da parte relevante do curso. Por exemplo, o arquivo `hello-world-4.nf` é o resultado esperado ao completar as etapas 1 a 4 da Parte 1: Hello World. +- **O diretório `solutions`** contém os _scripts_ de fluxo de trabalho completos resultantes de cada etapa do curso. Eles servem como referência para verificar seu trabalho e solucionar quaisquer problemas. As informações de nome e o número presentes no nome do arquivo correspondem à etapa da parte relevante do curso. Por exemplo, o arquivo `hello-world-4.nf` é o resultado esperado ao completar as etapas 1 a 4 da Parte 1: Hello World. !!!dica From 3778dea43496cbc7edf43253daf3661e3f4cc333 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Marcel Ribeiro-Dantas Date: Wed, 6 Nov 2024 19:56:07 -0300 Subject: [PATCH 3/3] Update docs/hello_nextflow/01_orientation.pt.md --- docs/hello_nextflow/01_orientation.pt.md | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/docs/hello_nextflow/01_orientation.pt.md b/docs/hello_nextflow/01_orientation.pt.md index 243140dd8..59896f6bf 100644 --- a/docs/hello_nextflow/01_orientation.pt.md +++ b/docs/hello_nextflow/01_orientation.pt.md @@ -1,6 +1,6 @@ # Orientação -O ambiente Gitpod contém todo o software, código e dados necessários para este curso. Você não precisa instalar nada por conta própria. No entanto, é necessária uma conta (gratuita) para logar - e você deveria reservar alguns minutos para se familiarizar com a interface. +O ambiente Gitpod contém todo o software, código e dados necessários para este curso. Você não precisa instalar nada por conta própria. No entanto, é necessária uma conta (gratuita) para logar - e recomendamos que você reserve alguns minutos para se familiarizar com a interface. Caso ainda não tenha feito isso, siga [este link](../../envsetup/) antes de prosseguir.