叶绿体基因组组装不完整，缺一个IR区

[XiaoTW123]

金老师好，我用二代双端测序测了金莲木科的一个灌木，取的是嫩叶，测了36 Gb的数据。这个物种的核基因组大小小于500 Mb。我用getorganelle组装叶绿体基因组，但是给的结果包含三个scaffolds，geneious里手动注释拼接后发现主要少了一个IR，请问该怎么做呢，是调整参数，还是检查数据？
我去NCBI下载了这个种的完整叶绿体基因组，把我的reads比对上去后发现并没有很明显的测序偏倚，覆盖度看上去还可以。下面是测序覆盖度图：

下面是我组装后用bandage可视化的结果截图：

getorganelle的log文件：
get_org.log.txt

以及.fastg文件(为了便于上传加了个后缀.txt)：
extended_K105.assembly_graph.fastg.extend-embplant_pt-embplant_mt.fastg.txt

[XiaoTW123]

这个是测序覆盖度图——把我的测序reads比对到NCBI下载的同一物种的叶绿体基因组上。