Exportando a NetCDF

[cornejotux]

@emiliom, hoy encontramos un nuevo problema.
Cuando ejecutamos el archivo convertir_raw2nc.qmd en la maquina con windows de @HermosillaD no hubo problemas para exportar a netCDF con la función ed.to_netcdf(save_path='./converted') (Linea 51).
Sin embargo cuando yo lo trate de correct el script en mi mac, nos arroja el error "ValueError: cannot save to a group with the scipy.io.netcdf backend".

Tanto Hector como yo tenemos la misma version de la libreria de NetCDF (1.21), pero Hector tiene Python 3.8.16 y yo estoy corriendo la version 3.9.6.

Saludos

[emiliom]

Hola. Entonces, tienen que haber instalado echopype y sus dependencias de algún modo para darle acceso desde RStudio, no? Como lo instalaron?

En ese ambiente mixto, no sé que tanto pueda ayudarlos. Podrían hacer lo que necesitan hacer en el JupyterHub, desde Python en JupyterLab, y compartir los archivos generados por echopype a través de la carpeta shared?

@cornejotux cuando te refirís a la librería NetCDF (1.21), podrías ser más específico en cuanto a que librería de Python de netcdf está instalada? La preferible es netcdf4, y creo que la del error, scipy.io.netcdf, es la de defecto si no hay algo mejor. No me sorprende que esa no pueda manejar grupos de netCDF4. Talvez vos y @HermosillaD instalaron echopype y sus dependencias de maneras diferentes?

[cornejotux]

Ok, voy a ver si puedo cambiar la librería de netcdf para python y ver qué pasa El mié, 1 mar 2023 17:41, Emilio Mayorga ***@***.***> escribió:

…

Hola. Entonces, tienen que haber instalado echopype y sus dependencias de algún modo para darle acceso desde RStudio, no? Como lo instalaron? En ese ambiente mixto, no sé que tanto pueda ayudarlos. Podrían hacer lo que necesitan hacer en el JupyterHub, desde Python en JupyterLab, y compartir los archivos generados por echopype a través de la carpeta shared? @cornejotux <https://github.com/cornejotux> cuando te refirís a la librería NetCDF (1.21), podrías ser más específico en cuanto a que librería de Python de netcdf está instalada? La preferible es netcdf4, y creo que la del error, scipy.io.netcdf, es la de defecto si no hay algo mejor. No me sorprende que esa no pueda manejar grupos de netCDF4. Talvez vos y @HermosillaD <https://github.com/HermosillaD> instalaron echopype y sus dependencias de maneras diferentes? — Reply to this email directly, view it on GitHub <#2 (comment)>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ACN5LEQXA3WUK4OB7UDYLR3WZ6X6ZANCNFSM6AAAAAAVMPF6BU> . You are receiving this because you were mentioned.Message ID: ***@***.***>

[cornejotux]

Finalmente me di cuenta que lo que faltaba era hacer la instlacion de NetCDF en el sistema de mi Mac, hice eso y ahora quedo funcionando.