@@ -81,4 +81,272 @@ repositories listed above in the following structure.
8181 │ └── utils.py
8282 ├── xmipp
8383 └── xmipp_old
84- ├── src
84+ ├── src
85+
86+
87+ scipion-em-xmipp
88+ ::
89+ │ ├── scipion-em-xmipp
90+ │ │ ├── CHANGELOG.md
91+ │ │ ├── LICENSE
92+ │ │ ├── MANIFEST.in
93+ │ │ ├── pyproject.toml_beta
94+ │ │ ├── README.md
95+ │ │ ├── requirements.txt
96+ │ │ ├── setup.py
97+ │ │ ├── sonar-project.properties
98+ │ │ └── xmipp3
99+ │ │ ├── base.py
100+ │ │ ├── bibtex.py
101+ │ │ ├── checkProtocolsConf.py
102+ │ │ ├── constants.py
103+ │ │ ├── convert
104+ │ │ │ ├── convert.py
105+ │ │ │ ├── dataimport.py
106+ │ │ │ ├── __init__.py
107+ │ │ │ └── io_coordinates.py
108+ │ │ ├── __init__.py
109+ │ │ ├── legacy
110+ │ │ │ ├── protocols
111+ │ │ │ │ ├── protocol_angular_resolution_alignment.py
112+ │ │ │ │ ├── protocol_apply_deformation_zernike3d.py
113+ │ │ │ │ ├── protocol_classification_gpuCorr_full.py
114+ │ │ │ │ ├── protocol_classification_gpuCorr.py
115+ │ │ │ │ ├── protocol_classification_gpuCorr_semi.py
116+ │ │ │ │ ├── protocol_classify_kmeans2d.py
117+ │ │ │ │ ├── protocol_deep_align.py
118+ │ │ │ │ ├── protocol_deep_denoising.py
119+ │ │ │ │ ├── protocol_kmeans_clustering.py
120+ │ │ │ │ ├── protocol_metaprotocol_create_output.py
121+ │ │ │ │ ├── protocol_metaprotocol_create_subset.py
122+ │ │ │ │ ├── protocol_metaprotocol_discrete_heterogeneity_scheduler.py
123+ │ │ │ │ ├── protocol_metaprotocol_golden_highres.py
124+ │ │ │ │ ├── protocol_mltomo.py
125+ │ │ │ │ ├── protocol_movie_average.py
126+ │ │ │ │ ├── protocol_movie_opticalflow.py
127+ │ │ │ │ ├── protocol_particle_boxsize.py
128+ │ │ │ │ ├── protocol_reconstruct_heterogeneous.py
129+ │ │ │ │ ├── protocol_rotational_spectra.py
130+ │ │ │ │ ├── protocol_solid_angles.py
131+ │ │ │ │ ├── protocol_split_volume_hierarchical_cluster.py
132+ │ │ │ │ ├── protocol_split_volume.py
133+ │ │ │ │ └── protocol_subtract_projection.py
134+ │ │ │ ├── tests
135+ │ │ │ │ ├── test_protocol_deep_denoising.py
136+ │ │ │ │ ├── test_protocols_angular_resolution_alignment.py
137+ │ │ │ │ ├── test_protocols_gpuCorr_classifier.py
138+ │ │ │ │ ├── test_protocols_gpuCorr_fullStreaming.py
139+ │ │ │ │ ├── test_protocols_gpuCorr_semiStreaming.py
140+ │ │ │ │ ├── test_protocols_metaprotocol_golden_highres.py
141+ │ │ │ │ ├── test_protocols_metaprotocol_heterogeneity.py
142+ │ │ │ │ ├── test_protocols_mixed_movies.py
143+ │ │ │ │ ├── test_protocols_solid_angles.py
144+ │ │ │ │ └── test_protocols_subtract_projection.py
145+ │ │ │ └── viewers
146+ │ │ │ ├── viewer_angular_resolution_alignment.py
147+ │ │ │ ├── viewer_deep_align.py
148+ │ │ │ ├── viewer_metaprotocol_golden_highres.py
149+ │ │ │ ├── viewer_mltomo.py
150+ │ │ │ ├── viewer_solid_angles.py
151+ │ │ │ └── viewer_split_volume.py
152+ │ │ ├── programs.py
153+ │ │ ├── protocols
154+ │ │ │ ├── __init__.py
155+ │ │ │ ├── protocol_align_volume_and_particles.py
156+ │ │ │ ├── protocol_align_volume.py
157+ │ │ │ ├── protocol_analyze_local_ctf.py
158+ │ │ │ ├── protocol_angular_graph_consistency.py
159+ │ │ │ ├── protocol_apply_alignment.py
160+ │ │ │ ├── protocol_apply_tilt_to_ctf.py
161+ │ │ │ ├── protocol_apply_transformation_matrix.py
162+ │ │ │ ├── protocol_apply_zernike3d.py
163+ │ │ │ ├── protocol_assignment_tilt_pair.py
164+ │ │ │ ├── protocol_break_symmetry.py
165+ │ │ │ ├── protocol_center_particles.py
166+ │ │ │ ├── protocol_cl2d_align.py
167+ │ │ │ ├── protocol_cl2d_clustering.py
168+ │ │ │ ├── protocol_cl2d.py
169+ │ │ │ ├── protocol_classes_2d_mapping.py
170+ │ │ │ ├── protocol_classify_pca.py
171+ │ │ │ ├── protocol_classify_pca_streaming.py
172+ │ │ │ ├── protocol_compare_angles.py
173+ │ │ │ ├── protocol_compare_reprojections.py
174+ │ │ │ ├── protocol_consensus_classes.py
175+ │ │ │ ├── protocol_consensus_local_ctf.py
176+ │ │ │ ├── protocol_convert_pdb.py
177+ │ │ │ ├── protocol_core_analysis.py
178+ │ │ │ ├── protocol_create_gallery.py
179+ │ │ │ ├── protocol_ctf_consensus.py
180+ │ │ │ ├── protocol_ctf_correct_wiener2d.py
181+ │ │ │ ├── protocol_ctf_defocus_group.py
182+ │ │ │ ├── protocol_ctf_micrographs.py
183+ │ │ │ ├── protocol_deep_center_predict.py
184+ │ │ │ ├── protocol_deep_center.py
185+ │ │ │ ├── protocol_deep_hand.py
186+ │ │ │ ├── protocol_deep_micrograph_screen.py
187+ │ │ │ ├── protocol_denoise_particles.py
188+ │ │ │ ├── protocol_eliminate_empty_images.py
189+ │ │ │ ├── protocol_enrich.py
190+ │ │ │ ├── protocol_extract_asymmetric_unit.py
191+ │ │ │ ├── protocol_extract_particles_movies.py
192+ │ │ │ ├── protocol_extract_particles_pairs.py
193+ │ │ │ ├── protocol_extract_particles.py
194+ │ │ │ ├── protocol_flexalign.py
195+ │ │ │ ├── protocol_generate_reprojections.py
196+ │ │ │ ├── protocol_helical_parameters.py
197+ │ │ │ ├── protocol_kerdensom.py
198+ │ │ │ ├── protocol_local_ctf.py
199+ │ │ │ ├── protocol_mics_defocus_balancer.py
200+ │ │ │ ├── protocol_ml2d.py
201+ │ │ │ ├── protocol_movie_alignment_consensus.py
202+ │ │ │ ├── protocol_movie_dose_analysis.py
203+ │ │ │ ├── protocol_movie_gain.py
204+ │ │ │ ├── protocol_movie_max_shift.py
205+ │ │ │ ├── protocol_movie_split_frames.py
206+ │ │ │ ├── protocol_multiple_fscs.py
207+ │ │ │ ├── protocol_multireference_alignability.py
208+ │ │ │ ├── protocol_normalize_strain.py
209+ │ │ │ ├── protocol_particle_pick_automatic.py
210+ │ │ │ ├── protocol_particle_pick_consensus.py
211+ │ │ │ ├── protocol_particle_pick_pairs.py
212+ │ │ │ ├── protocol_particle_pick.py
213+ │ │ │ ├── protocol_particle_pick_remove_duplicates.py
214+ │ │ │ ├── protocol_phantom_create.py
215+ │ │ │ ├── protocol_pick_noise.py
216+ │ │ │ ├── protocol_postProcessing_deepPostProcessing.py
217+ │ │ │ ├── protocol_preprocess
218+ │ │ │ │ ├── geometrical_mask.py
219+ │ │ │ │ ├── __init__.py
220+ │ │ │ │ ├── protocol_add_noise.py
221+ │ │ │ │ ├── protocol_create_mask2d.py
222+ │ │ │ │ ├── protocol_create_mask3d.py
223+ │ │ │ │ ├── protocol_crop_resize.py
224+ │ │ │ │ ├── protocol_filter.py
225+ │ │ │ │ ├── protocol_image_operate.py
226+ │ │ │ │ ├── protocol_mask.py
227+ │ │ │ │ ├── protocol_movie_resize.py
228+ │ │ │ │ ├── protocol_preprocess.py
229+ │ │ │ │ └── protocol_process.py
230+ │ │ │ ├── protocol_preprocess_micrographs.py
231+ │ │ │ ├── protocol_projmatch
232+ │ │ │ │ ├── __init__.py
233+ │ │ │ │ ├── projmatch_form.py
234+ │ │ │ │ ├── projmatch_initialize.py
235+ │ │ │ │ ├── projmatch_steps.py
236+ │ │ │ │ └── protocol_projmatch.py
237+ │ │ │ ├── protocol_random_conical_tilt.py
238+ │ │ │ ├── protocol_ransac.py
239+ │ │ │ ├── protocol_reconstruct_fourier.py
240+ │ │ │ ├── protocol_reconstruct_highres.py
241+ │ │ │ ├── protocol_reconstruct_significant.py
242+ │ │ │ ├── protocol_reconstruct_swarm.py
243+ │ │ │ ├── protocol_resolution3d.py
244+ │ │ │ ├── protocol_resolution_bfactor.py
245+ │ │ │ ├── protocol_resolution_deepres.py
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247+ │ │ │ ├── protocol_resolution_fso.py
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249+ │ │ │ ├── protocol_rotate_volume.py
250+ │ │ │ ├── protocol_rotational_symmetry.py
251+ │ │ │ ├── protocol_screen_deepConsensus.py
252+ │ │ │ ├── protocol_screen_deeplearning.py
253+ │ │ │ ├── protocol_screen_particles.py
254+ │ │ │ ├── protocol_shift_particles.py
255+ │ │ │ ├── protocol_shift_volume.py
256+ │ │ │ ├── protocol_simulate_ctf.py
257+ │ │ │ ├── protocol_structure_map.py
258+ │ │ │ ├── protocol_structure_map_zernike3d.py
259+ │ │ │ ├── protocol_subtract_projection.py
260+ │ │ │ ├── protocol_tilt_analysis.py
261+ │ │ │ ├── protocol_trigger_data.py
262+ │ │ │ ├── protocol_validate_fscq.py
263+ │ │ │ ├── protocol_validate_nontilt.py
264+ │ │ │ ├── protocol_validate_overfitting.py
265+ │ │ │ ├── protocol_volume_adjust_sub.py
266+ │ │ │ ├── protocol_volume_consensus.py
267+ │ │ │ ├── protocol_volume_deform_zernike3d.py
268+ │ │ │ ├── protocol_volume_local_adjust.py
269+ │ │ │ ├── protocol_volume_local_sharpening.py
270+ │ │ │ ├── protocol_volume_strain.py
271+ │ │ │ ├── protocol_write_testC.py
272+ │ │ │ └── protocol_write_testP.py
273+ │ │ ├── protocols.conf
274+ │ │ ├── tests
275+ │ │ │ ├── __init__.py
276+ │ │ │ ├── test_convert_xmipp.py
277+ │ │ │ ├── test_protocol_angular_graph_consistency.py
278+ │ │ │ ├── test_protocol_apply_transformation_matrix.py
279+ │ │ │ ├── test_protocol_compare_angles.py
280+ │ │ │ ├── test_protocol_consensus_classes3D.py
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283+ │ │ │ ├── test_protocol_monodir.py
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285+ │ │ │ ├── test_protocol_multireference_alignability.py
286+ │ │ │ ├── test_protocol_reconstruct_fourier.py
287+ │ │ │ ├── test_protocols_add_noise.py
288+ │ │ │ ├── test_protocols_continuousflex.py
289+ │ │ │ ├── test_protocol_screen_deepConsensus.py
290+ │ │ │ ├── test_protocols_deepcenter_predict.py
291+ │ │ │ ├── test_protocols_deepres.py
292+ │ │ │ ├── test_protocols_deepVolPostprocessing.py
293+ │ │ │ ├── test_protocols_fso.py
294+ │ │ │ ├── test_protocols_highres.py
295+ │ │ │ ├── test_protocol_simulate_ctf.py
296+ │ │ │ ├── test_protocols_localdeblur.py
297+ │ │ │ ├── test_protocols_local_defocus.py
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299+ │ │ │ ├── test_protocols_realignment_classes.py
300+ │ │ │ ├── test_protocols_xmipp_2d.py
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303+ │ │ │ ├── test_protocols_xmipp_movie_resize.py
304+ │ │ │ ├── test_protocols_xmipp_movies.py
305+ │ │ │ ├── test_protocols_zernike3d.py
306+ │ │ │ ├── test_protocol_validate_fscq.py
307+ │ │ │ └── test_protocol_validate_overfitting.py
308+ │ │ ├── utils.py
309+ │ │ ├── version.py
310+ │ │ ├── viewers
311+ │ │ │ ├── __init__.py
312+ │ │ │ ├── plotter.py
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315+ │ │ │ ├── viewer_cl2d_clustering.py
316+ │ │ │ ├── viewer_cl2d.py
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320+ │ │ │ ├── viewer_deepEMHancer.py
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322+ │ │ │ ├── viewer_dose_analysis.py
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330+ │ │ │ ├── viewer_projmatch.py
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334+ │ │ │ ├── viewer_resolution3d.py
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336+ │ │ │ ├── viewer_resolution_deepres.py
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340+ │ │ │ ├── viewer_structure_map.py
341+ │ │ │ ├── viewer_subtract_projection.py
342+ │ │ │ ├── viewer_swarm.py
343+ │ │ │ ├── viewer_validate_fscq.py
344+ │ │ │ ├── viewer_validate_nontilt.py
345+ │ │ │ ├── viewer_validate_overfitting.py
346+ │ │ │ ├── viewer_volume_consensus.py
347+ │ │ │ ├── viewer_volume_deform_zernike3d.py
348+ │ │ │ ├── viewer_volume_strain.py
349+ │ │ │ └── viewer_volume_subtraction.py
350+ │ │ ├── wizards.py
351+ │ │ ├── xmipp_logo_devel.png
352+ │ │ └── xmipp_logo.png
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